Het CIO heeft ten doel (Artikel II uit de regelen van het CIO):

• De gemeenschappelijke bespreking, behandeling of afdoening door de participerende Kerken van op het terrein van Kerk en Overheid gelegen zaken, die daartoe hetzij door een of meer Kerken worden ingebracht; hetzij door het Contact eigener beweging ter hand worden genomen; hetzij door de Overheid bij het Contact aanhangig worden gemaakt en daar ter gemeenschappelijke behandeling worden aanvaard.

• De gemeenschappelijke verzorging – door middel van commissies van het Contact – van daartoe aangewezen taken of belangen, waarbij er met name commissies zijn:
  - voor de geestelijke verzorging in de inrichtingen van het Ministerie van Justitie (CIO-J);
  - voor de geestelijke verzorging binnen de krijgsmacht (CIO-M);
  - voor de geestelijke verzorging in de gezondheidszorg (CIO-G);
  - voor alle regelgeving die betrekking heeft op hetgeen gebeurt in of met de kerkelijke gebouwen (CIO-K);
  - voor het godsdienstonderwijs op de openbare basisscholen (CIO-O).

Behalve het gezamenlijk optrekken in de vijf bovengenoemde commissies, houdt het CIO zich ook bezig met onderwerpen als ANBI en VOG waar alle kerken mee te maken hebben. Verder heeft het CIO, namens de aangesloten kerken, sinds het voorjaar van 2020 regelmatig overleg met minister Grapperhaus over corona. Vanuit deze overleggen komen naderhand adviezen rond coronamaatregelen richting de kerkgenootschappen, die deze doorvertalen en communiceren naar hun eigen gemeenten.